Zavod za stomatologiju Kragujevac je organizovan po službama i to na sledeći način:
1. Služba za dečju i preventivnu stomatologiju
2. Služba za opštu stomatologiju
    2.1. Odsek za hitnu stomatološku pomoć
3. Služba za specijalističko-konsultativnu delatnost
    3.1. Odeljenje za ortopediju vilica
    3.1.1. Odsek zubotehničkog laboratorijuma za ortopediju vilica
    3.2. Odeljenje za oralnu hirurgiju
    3.3. Odeljenje za bolesti zuba i parodontopatije
    3.4. Odeljenje za stomatološku protetiku
    3.4.1. Odsek zubotehničkog laboratorijuma za stomatološku protetiku
4. Služba za pravne i ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove